Игровой процесс
Конструкция входа в уровень построена также, как и в предыдущей игре серии. Изначально мы находимся в неком Time Twister, который предоставляет доступ к разных временным эпохам, каждая из которых содержит по пять уровней. Доступ к следующим пяти уровням мы можем открыть только, победив босса предыдущей эпохи. Уровни на редкость разнообразны: здесь можно вдоволь накататься и на биплане (первая мировая), и на водном скутере покататься, но об этом позже. Очень интересное нововведение в игре — это возможность получать новые способности после расправы над каждым из боссов.

Всего в игре существует 30 уровней (или 6 так называемых зон) и 2 скрытых, доступ к которым можно открыть только внутри других уровней (что здесь и говорить: Naughty Dog всегда отличались хитростями). Их необходимо найти, ибо без них нельзя достичь максимального процента в игре (а он здесь равен 105 %). Для того, чтобы попасть в уровень Hot Coco нужно для начала посетить Road Crash. Это уровень с гонками на мотоциклах. Приблизительно на середине трассы вам потребуется отыскать некий дорожный знак с изображение головы инопланетянина. Сбив его, вы автоматически переноситесь в секретный уровень (это не глюк). Попасть на второй секретный уровень Eggipus Rex, езду на динозаврике T-rex, вы сможете через уровень под названием «Dino Might!». Здесь дела обстоят несколько сложнее, нежели в первом случае. Во-первых, добраться до того места в уровне, который нас интересует можно только посредством платформы с жёлтым камнем, а это значит, что для начала нам собственно нужно найти сам камень, который стоит искать совершенно в другом месте. В общем, если вы уже нашли указанную драгоценность, то пол дела сделано. Залезаете на платформы, переноситесь в специальную часть уровня, доходите до того момента, когда за вами начинает гнаться огромный Трицератопс и, убегая, внимательно разыскивайте птеродактиля. От встречи с первым лучше увернуться, если вы не хотите терять жизней, а вот ко второму необходимо нарочно попасть в лапы. Вот он и унесёт вас в 32-й уровень. Помните, что это секретные уровни, а значит там нет никаких кристаллов — только серые камешки и реликты.

Каждый уровень содержит в себе один кристалл (за исключением секретных, о которых говорилось выше), один реликт (и сапфир, и золото, и платина причисляются к одной и той же драгоценности, однако, к разным её видам) и один или два (в каждом уровне по-разному) серых камня, один из которых вы, как заведено в серии, сможете получить, разбив все ящики на уровне. Кстати, если говорить о ящиках, то разработчики и здесь порадовали большим количеством нововведений. Самая интересная вещь — это ящик, который каждую секунду меняет своё содержимое. На гранях коробочки отображается то, что находится в ней в данный момент. Ваша задача состоит в том, чтобы успеть разбить ящик в тот момент, когда на его гранях нарисовано то, что вам нужно (а это может быть и дополнительная жизнь, и порция яблок, и маска Аку-Аку). С каждой секундой ящик ускоряет смену картинок и, если не успеть, то вещица превратится в обычный железный ящик, который невозможно разбить. Не менее примечательны и ящики, облачённые в железный каркас. Разбивать их обычным вращением невозможно, для таких коробочек нужны специальные приёмы, которые вы сможете приобрести у боссов. Впрочем, этот приём нам известен уже со второй части Крэша, когда он бился об асфальт своей мордочкой.

Важно: не забывайте собирать драгоценности. Здесь всё построено на том же принципе, что и в Crash bandicoot 2: Cortex Strikes Back. Это значит, что чтобы найти такие драгоценности, вам придётся обшаривать уровни с необычайной тщательностью, вынюхивать каждый уголок…

На время

Очередное нововведение. Это режим прохождения уровней на время. Он становиться доступным как только вы собрали на этом уровне кристалл. В начале уровня в этом случае появляются забавные вращающиеся часики (или секундомер), собрав которые, вы автоматически переходите в данный режим игры. При этом все ящики на уровне моментально превращаются в цифровые (с изображением единицы, двойки или тройки на их гранях). Чем быстрее вы пройдёте уровень, тем выше будет награда. Для получения определённого реликта установлено определённое время. Реликты идут в таком порядке: сапфир, золото, платина. Последняя ценится больше всех, а соответственно, достать её будет сложнее всего. Однако это тоже не предел и существует даже список времени разработчиков, побив который (если это вообще возможно) вы уже ничего не получите, кроме всенародной признательности. Обратимся к временным ящикам. Разбивая такие, вы сможете останавливать секундомер на заданный промежуток времени (1, 2 или 3 секунды). Важно: не победив Кортекса, на платину даже не надейтесь. Дело в том, что после поражения доктор наделит вас возможностью быстро бегать, которая окажется просто незаменимой в достижении хороших резьтатов в Time Trial mode.
Миры

В зависимости от перевода либо "миры", либо "этапы". Каждый этап из общего числа эпох отличается своими чертами. Например, первый уровень в игре — средневековье. Противники: рыцари, которые пытаются вытащить меч из камня, как король Артур(делают они это резко, и при нахождении рядом с ними в тот момент, можно пострадать); лягушки, которые могут поцеловать и превратить героя в принца(смертельно опасно). Есть подводные уровни. Эпохой их назвать нельзя, но зато они преподносят в игровой процесс заметную разнообразность. Под водой будут разные рыбы(не опасны), акулы, электрические угри(бьют на расстоянии) и глубинные бомбы(при прикосновении сразу взрываются). Ещё Крэшу предоставиться замечательная возможность попутешествовать по Аграбе. Здесь его ждут встречи с волшебниками на летающих коврах и с ядовитыми скорпионами. Сестре главного героя придётся попробовать себя в качестве наездницы на маленьком тигре по безграничной Великой Китайской Стене, которую ещё только строят. Также в игре присутствуют доисторические уровни со страшными трицератопсами и птеродактилями, с травянистыми болотами и раскалённой лавой. В 4-ом портале Крэш отправиться в будущее, чтобы встретиться с различными роботами(необычайно опасны); Коко сможет полететь в космос, чтобы сразиться с доктором Джином. В игре больше всего миров посвящено Египту(5 штук), являющиеся довольно сложными. Здесь есть прыгающие гробы(они могут раздавит Крэша), ходячие мумии(сжирают Крэша), гигантские анаконды(тоже сжирают Крэша), выпрыгивающие из пропастей аллигаторы. Помимо того, чтобы смотреть под ноги в поисках вышеупомянутых тварей, обязательно всматривайтесь в стены и потолки.

Атмосферу прекрасно создаёт музыкальное сопровождение. В доисторических мирах отчётливо слышно барабанные дроби, в Египте восточную, а в подводных тихую, действительно глубинную музыку. В мирах будущего звучат чисто электронные мелодии. Саундтрек к игре, как и к двум предыдущим её частям был написан Mark Mothersbaugh из Josh Mancell из группы Mutato Muzika.